Lee Do jest królem dynastii Joseon, ale w rzeczywistości jego ojciec Taejong dzierży władzę absolutną i kontroluje kraj. Taejong zabijał bezkrytycznie, w tym członków rodziny i towarzyszy, aby zdobyć swoją władzę. Nawet jego syn, król Joseon, żyje w strachu przed ojcem.
Teraz Taejong bierze na cel Sim-On, teść króla i premier Joseon. Żona króla Lee Do, królowa Sohun, płacze nad losem swojego ojca, ale król Lee Do ostrzega swoją żonę, aby nic nie zrobiła, ponieważ więcej osób zostanie zabitych. Niemniej jednak Lee Do przekazuje tajny list instruujący Sim-On, aby ukrywał się w kraju Myung, dopóki nie będzie mógł się wszystkim zająć. List zostaje przekazany małej damie dworu, która otrzymuje polecenie dostarczenia go służącemu Szymona przed rychłym aresztowaniem Sim-On. Ale pani z dworu jest po stronie Taejona i treść listu zostaje zmieniona.
Ddol-Bok i jego ojciec są sługami rodziny Sim Ona. Ojciec Ddol-Boka jest powolny umysłowo i drażniony przez innych. Ddol-Bok to dziecko, które ma agresywne zamiary i mści się na tych, którzy dokuczają jego ojcu. Lubi So-Yi, która jest także służącą. Pewnego dnia siły królewskie przybywają do domu Sim Ona. Ddol-Bok, jego ojciec i So-Yi mogą uciec, podczas gdy rodzina Sim Ona i jego służący zostają aresztowani. Sam Sim On nie jest w domu. Przed domem Sim On spotykają damę dworu. Dama z dworu przekazuje im sekretny list. Ddol-Bok pyta So-Yi, czy list ma ratować ludzkie życie, a So-Yi odpowiada, że tak. Ale So-Yi tylko udawała, że czyta list, ponieważ nie jest w stanie go przeczytać. Ojciec Ddol-Boka idzie i spotyka Sim Ona i jego drużynę, gdy wracają z Myung. Kiedy Ddol-Bok wręcza list, przybywają siły królewskie i aresztują ich wszystkich. Podczas gdy są zabierani do więzienia, siły królewskie aresztują również młodych Ddol-Bok i So-Yi. Sim On i ojciec Ddol-Boka zostają zabici w więzieniu. Wkrótce potem rodzina i służba Sim Ona są wściekli i uciekają z więzienia. Ale są zabijani przez siły królewskie.
W tym czasie królowa Sohun idzie do więzienia, aby zobaczyć się z matką. Podczas gdy więźniowie uciekają, królowa Sohun ratuje dziecko So-Yi. Meanwhle, King Lee Do trafia do więzienia i jest świadkiem śmierci wielu ludzi. Widzi uciekającego Ddol-Boka. Chłopiec przypomina mu kogoś z własnego dzieciństwa. Król Lee Do rozkazuje swojemu strażnikowi uratować Ddol-Boka. Strażnik ratuje Ddol-Boka i umieszcza go w stodole. Następnie Taejong przybywa z żołnierzami przed królem Lee Do i jego strażnikiem. Taejong rozkazuje swoim żołnierzom zabić Ddol-Boka, ale król Lee Do sprzeciwia się ojcu, by uratować życie Ddol-Boka. Taejong pyta syna, jakim Joseonem zamierzasz rządzić? King Lee Do nie może udzielić odpowiedzi. W końcu Taejong wyciąga miecz na szyję króla Lee Do i grozi, że zabije własnego syna. W odpowiedzi król Lee Do rozkazuje swojemu strażnikowi zabić Taejong, jeśli zostanie zabity.
To będzie ostatni rozkaz króla Lee Do jako króla. Jego strażnik dobywa miecza i celuje w Taejong. Taejong wyjmuje swój miecz i odchodzi. Król Lee Do i jego strażnik udają się do stodoły, w której przebywa Ddol-Bok. Słyszą, jak Dddol-Bok płacze i przysięga zemstę królowi Lee Do, odpowiedzialnemu za śmierć jego ojca. Straż króla chce z tego powodu zabić Ddol-Boka, ale król Lee Do roni łzę i stwierdza, że Ddol-Bok jest pierwszą i ostatnią osobą, którą uratuje.
Następnego dnia King Lee Do rezygnuje ze swojego stanowiska. Taejongs wysyła swojemu synowi puste pudełko po lunchu, symboliczny gest polecający Lee Do popełnienie samobójstwa. Lee Do po tym, jak zobaczył puste pudełko po śniadaniu, zdaje sobie sprawę ze swojego idealnego Joseona. Lee Do idzie samotnie w kierunku Taejong, podczas gdy żołnierze Taejong strzelają strzałami w kierunku Lee Do ...
Uwagi
Na podstawie powieści „Bboorigipeun Namoo” Lee Jung-Myunga (po raz pierwszy wydanej w 2006 roku).
„Głęboko zakorzenione drzewo” przejmuje SBS środa i czwartek 21:55 przedział czasowy poprzednio zajmowany przez ' Chronić szefa ' i następuje 'Zaopiekuj się nami, kapitanie' 4 stycznia 2012 r.